在上海办理二类医疗器械经营备案，需要按照以下步骤进行。

准备相关资料：

1. 加盖公章的营业执照复印件。
2. 申请人的身份证复印件。
3. 经营场地、仓库场所的地址方位图。
4. 申请开展第二类体外诊断试剂经营活动还需要提供质量管理文件。

提出申请：

1. 登陆上海市市场监督管理局（原食品药品监督管理局）网站，选择“办事指南”查询相关的办理流程和所需的申请材料。
2. 确定办理地点（浦东、闵行、宝山等）。
3. 填写申请表格，将上述材料打印出来并盖章，然后再将所有材料递交至相应的发证机关。

等待审批和领取证书：

1. 提交申请后，等待发证机关受理并审核。
2. 审核通过后，即可领取二类医疗器械经营备案证书。

具体时间请参考办事指南中的说明，一般会在3-5个工作日内完成审核。在办理过程中，需要确保资料的真实性和完整性，并且符合相关的法律法规要求。

另外，在医疗器械经营活动中，安全和质量管理是非常重要的，需要严格按照相关的法规和标准进行操作和管理，以确保医疗器械的安全性和有效性。如有疑问，建议咨询相关专业人士。