办理上海个体小饭馆的食品经营许可证，需要按照以下步骤准备材料和进行流程。

**首先，准备以下材料**：

1. 经营者的身份证（复印件）或法人身份证。
2. 营业执照、机构章程和工商部门出具的企业名称预核准证明。
3. 房屋租赁合同及复印件和建筑许可证和房屋产权证明复印件。
4. 食品安全管理人员名单和食品安全管理制度。需要编写食品经营操作规程，包括进货查验、人员管理、环境卫生等等。

**其次，进行申请**：

1. 进入上海市市场监督管理局（有的在上海市行政服务中心，浦东新区市场监督管理局)的网站进行网上申请。
2. 填写申请信息，提交材料。
3. 等待审批，这期间市场监督管理局会进行文件审查。

**最后领取证书**：如果审批通过，按照指引到工商窗口领取食品经营许可证。

**办理流程**：

1. 申请领表，准备上述材料，网上或现场进行申请。
2. 工商部门受理，并进行审批。
3. 审查完毕，核发证书。大概需要十个工作日。

具体时间、地点等可能有所变化，可查看guanfangwangzhan或咨询相关部门。

以上信息仅供参考，如有需要，建议咨询相关部门。