上海小饭店食品经营许可证的操作指南如下：

1. 了解相关法律法规：了解关于食品经营许可证的法规是非常重要的，因为这将帮助你了解需要准备哪些材料和步骤。

2. 确定经营范围：确定饭店的经营范围和类型，以便准备相应的材料。

3. 申请营业执照：在小饭店经营前，需要先申请营业执照。营业执照是食品经营许可证的必要前提。

流程和材料如下：

* 流程：

1）准备相关材料：包括身份证、经营场所证明、行业许可证明等。

2）向当地食品药品监督管理局提出申请，并递交相关材料。

3）等待审核。

4）审核通过后，领取食品经营许可证。

* 材料：上海小饭店食品经营许可证申请需要准备的材料包括但不限于以下内容：身份证原件、店铺的房屋租赁合同、食品安全管理人员身份证及培训证明、从业人员健康证等。此外，不同地区可能还需要其他特殊材料，建议咨询当地食品药品监督管理部门。

以上信息仅供参考，具体流程和材料可能因地区而异，建议咨询当地食品药品监督管理部门获取准确信息。同时，务必遵守相关法规，确保食品安全。