上海个体小餐饮食品经营许可证申请指南如下：

1. 确定经营场所，准备好相关资料。
2. 前往上海市食品药品监督管理局官网，下载个体小餐饮食品经营许可证的申请表并如实填写。
3. 将填写好的表格和所需材料提交给当地食品药品监督管理局。

所需材料如下：

1. 身份证原件和复印件，经营人户籍所在地证明。
2. 营业执照原件和复印件，外省市需提供《企业名称预先核准通知书》。
3. 食品安全管理人员身份证及培训资料证明。
4. 经营场所平面布局图。
5. 周边环境图。
6. 食品安全管理制度。
7. 申请食品经营许可的申请书。

流程如下：

1. 提交申请：将所需材料提交至上海市食品药品监督管理局。
2. 现场检查：提交申请后，食药监部门会进行现场检查，检查通过后等待审批结果。
3. 获得证书：如果成功获得个体小餐饮食品经营许可证，将正式成为上海的合法食品经营者。

请注意，具体的申请流程和所需材料可能根据政策变化有所不同，建议申请者前往上海市食品药品监督管理局官网查询最新信息。