注册上海二类医疗器械公司办理备案的步骤和材料清单如下：

1. 确定公司名称：首先需要确定公司的名称，并检查该名称是否可用。
2. 注册资金：根据自身情况和市场需求，确定公司的注册资本。
3. 注册地址：提供在上海市实际经营的注册地址，可以是办公楼或临时场地。需要提供租赁合同、产权证明或临时场地使用证明。
4. 法人证件：法人可以是自然人或公司法人。如果是自然人，提供身份证原件及复印件；如果是公司法人，提供营业执照副本复印件。
5. 股东身份证明：提供公司股东的身份证明，可以是身份证或护照。
6. 经营范围：填写公司经营范围，一般包括医疗器械的销售和售后服务等。

材料准备完成后，可以按照以下步骤进行备案：

1. 在上海市市场监督管理局网站上下载并填写《医疗器械经营企业备案申请表》和《企业名称预先核准通知书》。
2. 准备相关材料，提交给市场监督管理局。一般需要提供纸质材料和电子版，具体可咨询当地市场监督管理局。
3. 提交材料后，市场监督管理局会进行审核。审核通过后，会颁发医疗器械经营许可证。

完成以上步骤后，您的上海二类医疗器械公司就可以成功办理备案了。具体操作可能会因地区而异，如有疑问，建议咨询当地市场监督管理局以获取更准确的信息。