注册上海二类医疗器械公司申请备案的条件和流程如下：

条件：

1. 确定公司名称：在申请前需要确定公司的名称，并查询是否已经被注册。
2. 注册资本：二类医疗器械公司的注册资本要求较高，一般需要达到500万元。
3. 确定经营范围：根据经营的业务范围确定公司的经营范围。
4. 法人资格：公司必须具备法人资格。
5. 其他条件：根据上海当地的法规，可能还要求提供其他相关的证明文件和资料。

流程：

1. 准备相关文件：包括公司名称、地址、法定代表人身份证、股权协议、经营范围等材料。
2. 申请许可：在网上或窗口提交申请，获取受理通知书。
3. 现场核验：相关部门会派人进行现场核验，看申请的材料是否真实。
4. 审核通过，出证：如果现场核验通过，会收到准予许可的决定和备案凭证。

具体流程可能因地区和政策有所不同，建议咨询当地相关部门以获取更准确的信息。在注册公司时一定要严格按照相关规定和流程进行，避免出现任何问题。同时要确保准备齐全所需文件，以确保申请过程的顺利进行。

以上内容仅供参考，建议咨询相关专业人士获得更加准确的答复。