注册上海二类医疗器械公司办理备案流程如下：

1. 确定公司名称：在工商局查询网站上搜索“医疗器械公司”，选择自己心仪的公司名称，zuihao与经营范围、行业相符。
2. 准备相关材料：包括法人及股东的身份信息、地址材料（租赁合同、房产证、备案证明等），这些材料需要事先准备好。
3. 确定经营范围：二类医疗器械经营许可的范围需要涵盖你计划经营的所有二类医疗器械产品，确保产品的合法性。
4. 线上申请并提交资料：在上海市场监督管理局网站上进行注册与申请，根据系统提示填写相关信息并提交申请材料。
5. 等待审核：系统将自动审核企业提交的材料。如果材料有问题，企业需进行修改并再次提交；如果审核通过，则可进入下一步。
6. 现场核查：如果审核通过，则会有相关人员对经营场所进行现场检查，包括产品质量、安全等。
7. 领取证书：如果检查通过，企业即可领取二类医疗器械备案证明。

完成以上流程后，即可成功办理上海二类医疗器械公司的备案手续。如有更多问题，可以咨询相关部门的工作人员，以获取更多帮助。