上海网上申请二类医疗器械备案的流程和所需资料如下：

流程：

1. 登录上海市市场监督管理局（原来食药监局）网站，点击“网上办事”进入“企业登记全程电子化服务平台”。
2. 登录企业用户，注册账号，填写企业基本信息。
3. 申请二类医疗器械经营备案（备案类），提交资料。
4. 等待审核，如果审核通过，则可领取《医疗器械经营企业许可证》。

所需资料：

1. 《医疗器械经营企业许可证申请表》电子版。
2. 加盖公章的企业法人营业执照复印件。
3. 加盖公章的法定代表人、企业负责人身份证明原件及复印件。
4. 加盖公章的企业章程（投资者出资信息）复印件。
5. 加盖公章的经营场所、库房地址的证明材料。
6. 企业负责人（质量负责人）、质量管理人员证明文件，包括学历证明、职称证明、身份证及复印件，以及个人简历。
7. 经营质量管理规范文件目录。
8. 经营质量管理制度、工作程序等文件目录。
9. 其他证明材料（如经营设备、执业人员资格证原件及复印件等）。

请注意，以上材料需要加盖公章的，请使用A4纸清晰打印后使用胶水或订书针装订。同时，不同类别的医疗器械产品需要满足不同的经营条件和要求，因此在进行二类医疗器械备案前，需要根据自身需求选择正确的类别，并确保符合相关法规和标准的要求。建议在准备材料前咨询相关专业人士，以确保申请过程正确无误。