上海二类医疗器械备案流程及所需资料如下：

流程：

1. 准备相关材料：包括《第二类医疗器械经营企业备案表》（一式两份）、《营业执照》副本复印件、法定代表人或者负责人身份证明（身份证或者护照等）等材料。
2. 将材料提交给上海市市场监督管理局，提交完成后，该材料将会送至上海市食品药品监督管理局审批。
3. 审批完成后，会收到《第二类医疗器械经营企业备案凭证》。
4. 完成税务登记和银行账户等手续。

所需资料：

1. 《第二类医疗器械经营企业备案表》两份。
2. 企业营业执照复印件。
3. 企业负责人的身份证明（一般为身份证或者护照等）。
4. 经营场地、仓库场所的证明文件，以及相关平面图。
5. 质量管理人员的相关资格、职称证明文件。
6. 拟经营产品注册证或者其他相关许可证明文件。
7. 完整的操作流程和制度，以及相关培训计划和资料。
8. 其他相关资料，如产品说明书、安全风险评估文件等。

请注意，以上流程和所需资料仅供参考，具体可能因实际情况而有所不同，建议在准备材料前咨询相关部门。