上海新办二类医疗器械经营备案的流程和申报资料如下：

流程：

1. 准备相关材料：包括营业执照复印件、申请人的身份证复印件以及关于二类医疗器械经营备案的自查表等。
2. 登录上海市市场监督管理局官网，选择“二类医疗器械经营备案办理（三类医疗器械许可申请）系统”进行企业用户注册。
3. 填写相关申请表格，并上交给有关当局。
4. 等待审核结果，如通过，则可领取备案证明。

申报资料：

1. 营业执照复印件。
2. 申请人的身份证复印件。
3. 负责人和质量管理人员的身份证、学历、资格证明和技术专业知识的证明文件。
4. 有关仪器设备的目录以及验收标准的文件。
5. 产品技术要求和售后服务承诺。
6. 自查表和安全管理制度。
7. 申请材料要加盖企业公章。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。