上海三类医疗器械公司许可证申请流程及费用如下：

1. 核名申请：首先，需要起多个名字以防重名，并提交给市场监管部门审核。
2. 提交材料：完成核名后，需要向市场监管部门提交公司的基本资料，包括股东名单、持股比例、身份证等，并填写相关申请表。
3. 办理许可证：在完成以上步骤之后，需要向上海市浦东新区市场监管局医疗器械服务园中心提交申请，办理《医疗器械经营许可证》。所需材料包括公司营业执照复印件、授权书、经营场地平面图、设施设备及注册申报材料等。
4. 现场验收：提交申请后，相关部门会对公司进行现场验收，合格者会颁发许可证。

费用方面，具体费用会根据公司规模、经营范围、经营地址等因素而有所不同。一般来说，办证费用在5万左右。

总的来说，整个流程下来可能需要花费较多时间和精力，具体流程和费用标准建议咨询当地相关部门或机构获取。