办理上海三类医疗器械经营许可证的流程需要以下步骤：

1. 准备相关资料：包括企业法人营业执照、企业名称预先核准通知书、法定代表人身份证明等材料，递交到食药局相关部门。
2. 填写申请表格：根据要求填写《医疗器械经营许可证申请表》和《企业承诺书》。
3. 现场考察：食药部门会安排人员对你的申请进行实地考察，了解你企业的运行情况。
4. 审核与评审：评审人员会根据相关法律法规和政策规定以及企业实地考察情况，对你的医疗器械经营企业进行审核和评审。
5. 决定和发证：根据评审情况作出是否准予许可的决定，并颁发三类医疗器械经营许可证。

所需资料：

1. 申请报告；
2. 企业名称预先核准通知书；
3. 产权证；
4. 法定代表人、企业负责人的任职文件、个人身份证明；
5. 质量管理人员的身份证明；
6. 房屋产权证、租赁合同或协议书复印件；
7. 拟经营产品的具体清单；
8. 工商部门出具的营业场所《拟办企业名称预先核准通知书》复印件；
9. 申请表格。

以上信息仅供参考，建议咨询当地食品药品监督管理局官网获取准确信息。