申请上海三类医疗器械经营许可证需要准备以下材料：

1. 加盖公章的企业法人营业执照副本原件及复印件；
2. 加盖公章的法定代表人身份证复印件；
3. 加盖公章的由企业法定代表人签字并盖章的《医疗器械经营企业许可证申请表》和《企业承诺书》；
4. 加盖公章的由注册地所属区市场监督管理局盖章的房屋产权证复印件、房屋租赁合同原件和复印件；
5. 相关设施设备清单及照片；
6. 相关制度文本及照片。

报批流程如下：

1. 准备并提交申请材料，确保所有材料完整无误。
2. 到上海市市场监督管理局网站填写《医疗器械经营企业许可证申请表》并网上申报。
3. 等待市局审核，并按照要求递交纸质材料。
4. 预审通过后，按要求提交终态申请材料。
5. 等待市局审批，并接受现场核查。
6. 通过审批后，领取《医疗器械经营企业许可证》。

在申请过程中，应注意遵循相关法律法规，如实递交材料，并对材料的真实性和合法性负责。同时，在领取许可证后，需要按照规定进行备案和变更手续，以保证经营活动的合法性和持续性。如有任何疑问，可以咨询相关部门以获取准确信息。