申请上海医疗器械经营许可证的流程和资料如下：

一、流程：

1. 准备相关资料：包括营业执照、专业技术人员身份证、学历证明、劳动合同等，具体可参照医疗器械经营许可证管理办法。
2. 将资料提交到上海市相关部门，进行资料审核，审核通过后进行现场核查。
3. 如果现场核查没有问题，就可以领取许可证，如果存在问题，会通知你进行整改，整改后再进行核查。

二、资料：

1. 企业营业执照正本及复印件（复印件需加盖公章）。
2. 组织机构代码证正本及复印件（复印件需加盖公章）。
3. 验资报告（注册资本实到情况）。
4. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明原件及复印件，个人不能担任法定代表人、企业负责人、质量负责人。
5. 专业技术人员的身份证明、学历证明及职称证明复印件。
6. 房屋产权证明或租赁协议。
7. 经营设施设备及说明书的书面描述。
8. 质量管理规范文件目录及质量管理制度手册。
9. 企业法定代表人、企业负责人及质量负责人的培训合格证明。
10. 医疗器械经营许可申请书。

以上信息仅供参考，具体流程和所需资料可能会因为不同地区和企业的实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取准确信息。