在上海办理医疗器械经营许可证，需要按照以下步骤进行：

1. 准备相关文件：包括营业执照、组织机构代码证、法定代表人、负责人身份证、以及相关部门出具的质量管理人员考核合格证明。
2. 提交申请：将准备好的文件提交给上海市食品药品监督管理局，并填写相应的申请表格。
3. 现场验收：在提交申请后，相关部门会对公司进行现场验收，包括对场地、设备、设施、人员资质等方面的检查。
4. 审核与审批：如果现场验收合格，相关部门会进行审核，并根据审核结果作出审批决定。
5. 领取证书：如果申请通过，即可领取医疗器械经营许可证。

在办理过程中，需要注意以下几点：

1. 医疗器械经营许可证的办理需要符合相关的条件，包括场地、设备、人员等方面的要求，需要提前做好准备。
2. 整个办理过程可能需要一定的时间，需要耐心等待。
3. 在整个办理过程中，需要与相关部门保持沟通，了解办理进度。

此外，如果遇到困难或问题，可以向上海市食品药品监督管理局咨询，寻求帮助。希望这些信息对您有所帮助。