上海二类医疗器械经营备案申请步骤如下：

1. 准备齐全相关材料，线上提交至所在地市场监督管理局。
2. 登录备案人的账户，在线填写医疗器械经营备案申请表。
3. 准备并提交纸质资料至所在地市场监督管理局，具体包括《第二类医疗器械经营企业备案表》及加盖公章的承诺书。

上海二类医疗器械经营备案需要的资料有：

1. 营业执照和组织机构代码证复印件。
2. 经营场地、仓库场所的证明文件，经营场地、仓库场所的平面布局、设施设备清单。
3. 代理人资格证明。
4. 质量管理人员的相关资格证明，例如学历证明、职称证明、上岗证等。
5. 上述第一项至第三项规定的医疗器械注册证、生产许可证、备案证明等复印件。

在提交材料之后，需要耐心等待审核结果。一般来说，审核周期为10个工作日左右。具体时间可能会受到各地要求不同而有所差异。

以上信息仅供参考，如有疑问，可咨询当地市场监督管理局获取更准确的信息。