上海企业在办理二类医疗器械经营备案时，需要按照以下流程和资料进行：

流程：

1. 准备相关资料：包括企业法人营业执照、营业执照副本、组织机构代码证、法定代表人身份证明等复印件，并填写申请表。
2. 向上海所在地的市级药品监督管理部门递交申请。
3. 等待审核通过，领取二类医疗器械经营备案凭证。

具体步骤：

1. 准备以下材料：
* 二类医疗器械经营备案申请表。
* 企业法人营业执照复印件。
* 营业执照副本复印件。
* 组织机构代码证复印件。
* 法定代表人身份证明复印件。
* 法定代表人授权书（如果申请材料需法人代表签署）。

2. 向上海所在地的上海市浦东新区市场监督管理局递交申请，具体地址为：上海市浦东新区杨高南路2878号东方国际贸中心14层。
3. 等待审核。上海市浦东新区市场监督管理局会指定专门的部门进行资料审核，一般需要30个工作日左右。
4. 如果审核通过，上海市浦东新区市场监督管理局会发放二类医疗器械经营备案凭证，该凭证可以通过互联网查询真伪。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能会因为不同地区和市场监督管理部门的要求而有所差异，建议咨询当地市场监督管理部门以获取最新、最准确的信息。同时请确保所有提交的材料真实、有效、合法。

这些资料准备完毕后，即可去办理二类医疗器械经营备案了。