上海二类医疗器械经营备案可以在上海市市场监督管理局办理，也可以通过上海市政务服务网进行网上办理。

办理流程一般如下：

1. 准备相关材料，包括备案申请表和身份证明等。
2. 提交申请材料，可以通过窗口、邮寄、自助端等方式提交。
3. 等待审核，上海市市场监督管理局会对申请材料进行审核。
4. 领取备案凭证，如果申请通过，就可以领取二类医疗器械经营备案凭证。

至于所需的资料，具体如下：

1. 营业执照复印件或组织机构代码证复印件。
2. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件。
3. 代理人身份证明复印件以及需委托书。
4. 经营范围、经营方式说明。
5. 经营场所房屋产权证明或租赁合同复印件。
6. 经营设施、设备清单。
7. 执行的相关法规、规章或规范性文件编号。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。