上海二类医疗器械经营备案新办流程和所需材料清单如下：

一、办理流程：

1. 准备并提交材料到相应的行政审批部门（上海市市场监督管理局）。
2. 办理过程中，申请人需要按照要求办理事项的申请，并提交相关材料，如《医疗器械经营企业许可证申请表》等。
3. 现场核查，等待审批结果。若材料无问题，则会进入下一步现场核查环节。
4. 现场核查通过后，会发布证件并公告。

二、所需材料清单：

1. 企业营业执照复印件。
2. 拟配置设施平面布局图。
3. 拟经营医疗器械产品目录 。
4. 质量管理文件。包括质量管理程序、内审和管理评审的记录、设备维护保养及使用说明等 。
5. 经办人授权证明 。
6. 产权证明或者租赁协议。
7. 其他材料（比如办理第一类医疗器械备案证明等）。

以上流程仅供参考，具体请参照官方发布的具体指南。在办理过程中，如遇到任何问题，都可以向相关行政审批部门咨询，以获得最准确的信息。