上海三类医疗器械经营许可证的申请流程及需要准备的材料如下：

流程：

1. 准备相关材料，包括营业执照、组织机构代码证、企业章程、法定代表人、负责人学历证明、租赁合同和房产证明等。
2. 向相关部门提出申请，包括上海市行政区域内的医疗器械经营企业。
3. 上海市药品监督管理部门受理申请后，进行材料审查，并安排现场检查。
4. 审核通过后，颁发三类医疗器械经营许可证。

需要准备的材料：

1. 医疗器械经营许可证申请表、可行性报告。
2. 营业执照和组织机构代码证复印件。
3. 企业法定代表人、负责人、质量负责人的学历或者职称证明。
4. 法定代表人、负责人、质量负责人的身份证复印件。
5. 租赁合同复印件以及房产证明或租房证明。
6. 申请经营其他类别的医疗器械出产准运证明或者出产产品质量合格证明的原件及复印件。
7. 公司章程、公司管理制度和岗位职责相关制度等材料原件。

注意：办理时需确认经营范围（包括但不局限于经营范围和医疗器械的经营范围），按照不同类别进行办理，不可同时办理和同一许可证同时经营其他类别医疗器械。办理流程结束后，可以获得三类医疗器械经营许可证，正式开始经营医疗器械。

以上信息仅供参考，建议咨询相关专业部门获取详细信息。