上海图书出版物经营许可证的申请流程包括以下步骤：

1. 准备申请材料，包括公司营业执照复印件、经营场所证明等。
2. 登录上海市的出版物发行企业设立申请和审批系统，完成企业信息登记、业务负责人情况登记等。
3. 根据经营范围，提出申请，并填写相应格式的申请表、承诺书等材料。如果股东有外商投资背景，还需提交新闻出版总署准许变更登记的证明文件。
4. 等待文化市场行政执法总队的审批，如果需要补充材料，执法支队会当场告知并进行补正。
5. 完成审批后，准予许可的会出具《中华人民共和国出版物经营许可证》，不予许可的会告知原因。

完成这些步骤后，等待出版物经营许可证办理完成，就可以开始经营了。如果有任何疑问或需要帮助，可以咨询当地文化市场行政执法部门的联系方式。

以上信息仅供参考，详情请咨询当地文化部门。