新办上海二类医疗器械备案凭证的操作流程和申请指南如下：

一、操作流程：

1. 准备相关材料：包括企业资质、产品注册登记表、质量管理体系证明文件等相关材料。
2. 完成在线平台申请：根据平台指引完成备案信息填写，并提交相关材料。
3. 等待审核：根据系统提示，提交纸质材料，并同步在备案系统查阅审核结果。
4. 现场核验：如果审核通过，上海市局会对企业进行现场核验。
5. 发证：如果现场核验通过，会收到市局颁发的二类证。

二、申请指南：

1. 确定经营范围和类别：确保医疗器械公司经营范围中包含“医疗器械”相关业务。
2. 确定产品类别：二类医疗器械仅包括如体温计、血压计、避孕套等指定目录内的产品。
3. 准备相关材料：包括企业资质、产品注册登记表、质量管理体系证明文件等相关材料。
4. 在线申请：登陆上海市政务服务网（上海市场监督管理局网站），注册账号并提交备案申请。
5. 提交纸质材料并同步在备案系统查阅审核结果。

以上就是新办上海二类医疗器械备案凭证的操作流程和申请指南，供您参考。如有问题，建议咨询相关部门。