上海申请互联网药品信息服务资格证书的流程和必备资料如下：

流程：

1. 准备申请材料，包括《互联网药品信息服务申请表》和《企业营业执照》等资质证明。
2. 向上海市通信管理局或者其委托的上海市互联网信息办公室申请互联网药品信息服务资格。
3. 等待审核结果，并按照要求办理相关手续。
4. 审核通过后，领取《互联网药品信息服务资格证书》。

必备资料：

1. 《互联网药品信息服务申请表》，该表格需要详细填写公司基本信息、网站基本信息和相关许可证明。
2. 企业营业执照，这是申请必备的资质证明，需要原件及复印件。
3. 机构性质证明文件，例如事业单位法人证书或企业法人营业执照等，用于证明机构的性质和合法性。
4. 药品生产、经营企业的《药品生产许可证》、《药品经营许可证》复印件，如果是药品生产企业或药品经营企业，还需要提供相关的许可证复印件。
5. 法定代表人身份证或护照复印件，用于证明申请人的身份。
6. 网站域名注册的相关证明文件，例如ICP备案、IP地址备案等。
7. 网站首页截图，用于证明网站的基本结构和页面展示。
8. 信息安全管理制度、专职信息安全管理人员名单、信息安全管理人员身份证及复印件和联系方式等材料。

请注意，以上必备资料可能会根据政策法规和具体要求有所变化。在准备资料时，建议咨询相关部门或专业机构以获取准确的信息。同时，申请流程可能因不同时间而有所差异，建议关注相关部门的通知和公告。