上海互联网药品信息服务资格证书的申请流程和所需材料如下：

流程：

1. 准备申请材料，包括《互联网药品信息服务申请表》和《企业营业执照》等主体资质证明截图以及扫描件两份。
2. 直接向上海市食品药品监督管理局互联网药品监管管理部门提出申请，并提交申请材料。
3. 等待审核结果，如果审核通过，就可以获得互联网药品信息服务资格证书。

需要材料：

1. 《互联网药品信息服务申请表》加盖企业公章（表样可在上海市食品药品监督管理局互联网药品监管网站下载）。
2. 《企业营业执照》等主体资质证明扫描件。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件。
4. 专职技术人员的毕业证书、学历证明或职称证明复印件。
5. 专业设备资料及相关存储空间资料复印件。

请注意，以上流程和材料可能发生变化，建议提前查阅最新政策信息，并咨询专业人士以获取具体帮助。