上海三类医疗器械经营许可证办理应当准备以下材料：

1. 经营企业预先核名及《企业名称预先核准通知书》原件。
2. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。
3. 组织机构与部门设置说明。
4. 经营范围说明。
5. 经营场地、仓库场所的地址和面积说明（包括房屋产权证明或者租赁协议复印件），以及相关设施设备目录。
6. 周边环境图、平面布局图、库房布局图及示意图（标注红章）。
7. 质量管理文件资料目录。
8. 计算机信息管理系统基本情况介绍和功能说明（如设置有计算机信息管理系统的）。
9. 《医疗器械经营企业许可证申请表》和《医疗器械经营企业许可证》电子申请表。

注意：申请材料需要加盖企业公章，并确保材料的真实性。办理许可证前，建议咨询相关专业人士，以确保所有必需的材料都已准备妥当。