申请上海旅行社经营许可证需要准备以下资料和手续：

1. 经营许可证申请表，该申请表需要加盖企业公章。
2. 企业营业执照副本原件和复印件，复印件需要加盖企业公章。
3. 法定代表人身份证明复印件，需要加盖企业公章。
4. 经营场所的证明，包括经营场地的产权证明和租赁合同。
5. 旅游业务培训合格证书。
6. 旅游服务质量跟踪制度，包括服务质量跟踪制度文本和相关人员名单。
7. 承诺书，包括企业对于旅游服务质量跟踪制度的承诺和相关人员名单。

在准备好上述资料后，需要按照以下步骤提交申请：

1. 申请人向上海市文化和旅游局提出申请，并提交申请材料。
2. 上海市文化和旅游局收到申请材料后进行形式审查，材料齐备的予以受理，并书面告知申请人。
3. 上海市文化和旅游局组织专家组对申请企业进行实地考察评审。
4. 根据评审结果作出准予或不予许可的决定，并书面告知申请人。

以上信息仅供参考，具体可以咨询相关部门获取详细信息。