上海旅行社经营许可证申请流程如下：

1. 申请企业向上海市文化和旅游局进行线下提交申请，并递交相关申请材料，比如《申请报告》等。
2. 上海市文化和旅游局进行审核，并到已完成筹建的企业所在地进行实地验收。
3. 验收通过后，上海市文化和旅游局会正式受理申请材料，并安排专家对申请企业进行评审。
4. 评审通过后，上海市文化和旅游局将颁发旅行社经营许可证。

申请上海旅行社经营许可证需要准备以下材料：

1. 《上海市设立旅行社审核登记表》。
2. 企业营业执照复印件。
3. 企业法定代表人或者负责人身份证复印件。
4. 6个月内出具的验资报告原件。
5. 提供有相应资格导游人员资格证书和身份证复印件。
6. 设立国际旅行社的，需要30万元人民币注册资金的证明文件；设立国内旅行社的，需要不少于20万元人民币的注册资金证明文件。
7. 固定的办公场所证明文件。

以上流程和材料仅供参考，建议咨询相关部门或者机构获取具体信息。