上海新办二类医疗器械备案在线流程与审批条件如下：

流程：

1. 准备相关材料，包括营业执照、法定代表人、企业印章、质量管理人员的相关证明等。
2. 在上海市食品药品监督管理局guanfangwangzhan上提交电子版备案材料。
3. 等待审核结果通知。
4. 审核通过后，即可获得二类医疗器械备案证书。

审批条件：

1. 企业有健全的质量管理制度和档案管理制度，并能保证执行。
2. 符合市局有关零售企业开办条件的有关要求。
3. 至少有一名法定代理或者授权的质量负责人。质量负责人应具有药学中专或者医学专业大专以上学历，有药师或者执业药师资格证书。
4. 企业的经营场所、经营项目（经营范围、经营方式）符合注册或者备案的范围。
5. 保证经营过程中产品质量的责任承担能力。

注意，自2014年7月1日起，上海地区全面实施电子化审批，不再提供纸质版证书，具体事宜请咨询相关人员。同时，办理时需确保申请材料齐全，并提前在上海市食品药品监督管理局guanfangwangzhan上注册账号并申报备案信息。以上信息仅供参考，具体流程和要求可能因实际情况而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。