上海二类医疗器械备案新办的流程和在线申报资料如下：

流程：

1. 准备相关材料：包括《医疗器械备案申请表》和《企业、事业单位法人登记证》等复印件。
2. 在上海市场监管局官网上进行注册并填写相关信息，提交申请。
3. 提交申请材料，等待审核。
4. 审核通过后，领取新开办企业审查告知书。
5. 预约时间，到递交材料的地方领取《医疗器械注册人、备案人与经营人备案信息表》。
6. 根据表格内容，在上海市食品药品监督管理局官网录入相关信息，并提交电子材料。
7. 等待审核结果，一般会在5个工作日内出结果。

在线申报资料：

1. 二类医疗器械备案申请表。
2. 企业营业执照复印件。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件。
4. 拟办企业组织结构图和技术文件资料。
5. 经营许可合同、代理销售协议或者委托销售证明等相关材料。
6. 办公场所、仓库的租赁合同和产权证明复印件。
7. 质量管理文件资料。
8. 其他证明资料和相关说明。

注意，以上材料需要按照实际情况进行填写和提供，建议在正式提交前咨询相关部门进行确认。同时，医疗器械的经营管理涉及多个环节和领域，需要专业的知识和技能，建议由有经验的企业或专业机构协助办理。