上海市再生资源回收企业备案操作流程如下：

1. 登录系统：企业首次备案应访问上海市商务委官网（https://shanghai.gov.cn/）首页“再生资源企业登记管理平台”进入系统，凭用户名和密码登录系统。
2. 填写信息：填写再生资源回收经营者备案登记表和承诺书。
3. 提交申请：将填写好的备案登记表和承诺书拍照或扫描后，上传至系统。
4. 确认回执：系统提交成功后，打印备案登记表和承诺书。
5. 现场核验：市商务委（市环保局）工作人员将根据现场核验标准到企业进行现场核验，符合条件的，当场发放备案证明。

注意事项：

1. 企业应确保提交的信息真实、准确、完整。
2. 如需修改备案信息，企业可自行登陆系统撤回提交申请，修改后重新提交申请。
3. 现场核验不通过的企业需要重新办理相关手续。

网上申请的具体时间、地点、流程可能会根据政策变化而变化，建议在申请前仔细阅读官方公告或咨询相关机构。