上海市房地产经纪机构备案网上申请的操作流程指南如下：

1. 登录上海市住房和城乡建设管理委员会官网，点击“办事指南”中的“房地产经纪机构备案申请及材料”。
2. 打开新页面后，填写企业名称、企业注册资本、企业住所等基本信息。请注意，所有字段均为必填项，并确保填写的企业名称不存在同名或同音的情况。
3. 继续填写企业名称中的行政区划和具体机构信息，以及企业主营业务范围。这一部分需要参考行业规定，并在填写前与企业实际情况进行核对。
4. 填写完毕后，进行网上申请协议的提交。在这一步骤中，需要认真阅读并遵守网上申请协议。如无异议，点击“提交”按钮，系统将自动生成备案编号。
5. 提交申请后，可以通过备案编号查询申请结果。如果申请成功，系统会提示备案信息已提交，并显示备案证书的二维码。

完成以上步骤后，即可成功完成上海市房地产经纪机构备案网上申请。如果遇到问题，可以咨询相关机构工作人员。