上海小餐饮食品经营许可证的申请流程如下：

1. 申请人向所在地的区县食品药品监督管理局提出许可申请，提交申请资料。
2. 申请资料应当提交下列材料，并提供相应复印件，申请材料应当使用A4纸张。
* 经营场所平面布局图，标注卫生设施、设备布局和卫生要求。
* 经营场所的产权证明或租赁协议和出租人的产权证明。
* 负责人及食品安全管理人员的身份证和上岗证。
* 工商营业执照或工商临时核准证明，或者企业名称预先核准通知书和经营范围证明。
* 新开业的申请者须提供店址的位置图，标注周边环境、距离等。
* 其他材料：既往从事食品销售或管理经历情况，卫生行政部门依法要求的其他资料。
3. 区县食品药品监督管理局在收到申请后，对申请资料进行审查，需要对产品进行检验的，按照有关规定执行。
4. 区县食品药品监督管理局在承诺办结的期限内，作出是否准予许可的决定。如果不具备条件可能会被驳回申请。

具体可咨询当地食品药品监督管理局工作人员。另外，需要强调的是，办理食品经营许可证需要遵守相关的食品安全法规定，如有任何疑问，可以咨询专业的法律顾问。