上海进出口经营权备案申请流程如下：

1. 前往当地工商部门申请名称预先核准。
2. 准备相关材料，包括：营业执照副本原件和复印件，公司章程，法定代表人身份证明原件和复印件，经纪人证书和名册（如果有）。
3. 携带所需材料到商务部门申请备案。商务部门受理后进行实地调查。
4. 等待审核结果，领取《对外贸易经营者备案登记表》。
5. 登录外贸监管局网站在线备案系统，进入企业进出口权备案管理系统，在线提交备案申请表及其他相关材料。
6. 网上提交成功后打印申请表，携带材料到商务部门办理正式备案手续。
7. 收到正式备案批文后，将企业信息加入中国国际贸易“单一窗口”，开启法人认证。

至此，完成上海进出口经营权备案的申请流程。需要注意的是，在正式开展进出口业务前，还需办理其他相关手续，如海关、税务、外汇管理等。这些手续的具体流程和所需材料可能因不同部门和具体业务而有所不同。建议在办理前先咨询专业人士，以确保顺利完成手续。