上海房地产经纪公司备案线上申请流程如下：

1. 登录上海市房屋管理局网站，点击“办事指南”-“办事服务”-“网上办事”，进入办事系统。
2. 选择“企业设立、变更、注销备案”，进入备案登记页面。
3. 填写相关备案信息，提交电子材料。需要准备的材料包括：备案登记申请书、公司法人营业执照、房地产经纪机构告知承诺书、法定代表人身份证明、执行合伙企业事务的合伙人身份证明、合伙人身份证明等。这些材料需要扫描并上传至系统。
4. 等待审核结果。

需要注意的是，根据《办法》规定，公司完成备案的最长期限为20个工作日，也就是说应该在两周之内办理完毕所有手续。否则可能需要按照线下流程完成申请。同时，需要保证材料真实有效，并且上报的材料数据需要符合法定形式和要求。

以上流程仅供参考，如有需要，建议您致电上海房地产管理部门或者前往咨询。