作为一家专业的财务咨询公司，我们非常荣幸能相关的信息和服务。针对您提出的关于上海公司申请三类医疗器械经营许可证去哪个部门办的问题，我们将从多个角度出发，详细描述该情况，并为您引入可能忽略的细节和知识，以帮助您更好地了解该办理流程。

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根据相关规定，上海公司申请三类医疗器械经营许可证需要向上海市食品药品监督管理局（以下简称食药监局）进行申请。食药监局是上海市负责医疗器械监管和管理的主要行政部门，负责审核、核发和管理医疗器械经营许可证。

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为了更好地服务客户，我们进一步查询了相关资料，并发现，上海市食药监局在行政管理区划上划分为16个区域食药监局，每个区域食药监局负责自己辖区内医疗器械的监管和管理工作。因此，上海公司申请三类医疗器械经营许可证需要根据公司所在的具体区域选择相应的食药监局进行申请。

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了解到这一点后，我们进一步深入研究并提供相关细节和知识，以防止可能存在的漏洞。如果您的公司所在地处于上海市黄浦区，那么您需要向黄浦区食品药品监督管理局提交申请。如果您的公司所在地处于其他区域，例如徐汇区、长宁区、浦东新区等，您需要向相应区域食品药品监督管理局进行申请。对于没有确切所在区域或难以确定的情况，您可以向上海市食药监局的综合窗口咨询，他们将具体的指引和协助。

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需要注意的是，提交申请时，您需要准备一系列相关材料，如申请表格、营业执照副本、法定代表人身份证明、经营场所租赁合同及房产证明等。，根据实际情况，还可能需要提供医疗器械产品注册证明、产品技术文件等相关资料。根据我们的经验，材料准备工作是申请流程中关键的一环，如果您在材料准备上遇到任何困难或疑问，我们将非常乐意帮助和咨询。