上海食品经营许可证新办流程及注意事项如下：

流程：

1. 申请企业名称预先核名，在工商局递交《企业名称预先核准申请书》。
2. 取得《企业名称预先核准通知书》后，去食药监递交《食品经营许可证申请书》及一系列申请材料，申请审批。
3. 申请材料齐全且符合法定形式，领取申请受理书，若材料有误或者不符合法定形式，补正材料后重新提交申请。
4. 食药监组织现成核查。
5. 20个工作日内食药监出具是否准予许可的决定。
6. 材料、场地无误，颁发《食品经营许可证》。

注意事项：

1. 申请主体：在食品经营许可的范围、经营项目一致的前提下，可以自愿选择变更方式。也就是说，如果你的经营范围、经营项目没有发生改变，可以自主变更许可机关。
2. 申请材料：申请材料应真实有效。一般材料应由申请人加盖单位公章。申请主体为法人的，应由法定代表人签字。
3. 现场核查：现场核查是个漫长的过程，需要耐心等待。核查人员会检查经营场所的布局、设备等是否符合条件。需要确保经营场所布局合理、卫生条件良好、温度适宜等。
4. 一次性告知所需材料：在准备申请材料时，要确保所有材料齐全，并符合法定形式。建议多打印几份材料，以免来回补交耽误时间。

以上信息仅供参考，如有更多疑问，可以咨询相关部门获取。