办理上海食品经营许可证需要准备的材料和流程如下：

1. 材料准备：需要提供公司的食品经营许可申请书，承诺声明，以及公司自查情况、平面布局图、员工信息、食品安全管理制度等材料。所有材料都需要加盖企业公章。
2. 递交材料：需要向相应的部门递交申请材料，具体地点可以在相关部门的网站上查询。
3. 现场核查：在递交材料之后，工作人员会对公司进行现场核查。如果检查不合格，公司需要等待通知后重新办理。
4. 许可证发放：在现场核查通过后，企业需要等待相关部门的通知，按约定时间领取食品经营许可证。

需要准备的材料如下：

1. 食品经营许可申请书
2. 营业执照复印件
3. 法定代表人或负责人身份证明
4. 食品生产许可申请书相关说明
5. 其他相关材料

此外，办理食品经营许可证需要遵循以下流程：

1. 确保公司的注册地址符合相关规定，并前往相关部门递交申请前，需要确保公司的相关资质齐全。
2. 在线登录上海市的食品经营许可证管理系统，填写相关表格，并提交相关材料。
3. 按照要求提交纸质材料并进行现场核查。
4. 在完成现场核查之后，按照相关流程领取食品经营许可证。

总体来说，办理上海食品经营许可证需要按照流程提交相应的材料，并接受现场核查。在成功通过核查并领取许可证之后，公司即可合法地进行食品经营活动。