上海公司三类医疗器械经营许可证的申请流程、所需资料及办理时间如下：

一、申请流程：

1. 准备相关材料：包括营业执照、法定代表人、企业负责人的身份证等资料。
2. 提交申请：将材料提交至上海市各区市场监管局。
3. 现场检查：市场监管部门会进行现场检查，确认企业是否具备经营资质以及经营情况。

二、所需资料：

1. 医疗器械经营许可证申请表。
2. 企业营业执照。
3. 企业负责人、质量管理人员的相关身份证、学历证明和职称证明等材料。
4. 拟经营产品的范围证明材料。
5. 符合要求的设施设备以及管理制度的相关证明材料。
6. 其他相关材料。

三、办理时间：

具体时间可能会因各个因素而有所不同，例如：
1. 办理地点：上海市各区市场监管局，具体地址需要按照企业所在区域进行查询。
2. 工作时间：通常为周一至周五，具体时间可以查询当地市场监管局官网。

建议提前了解具体流程和所需资料，并仔细核对办理时间，以便顺利办理三类医疗器械经营许可证。