上海商业特许经营备案可以在上海市商务委员会办理，也可以通过特许人及其特许业务直接或间接投资的上海各类商业经营场所、商会、协会等机构进行协助办理。

办理流程和所需资料如下：

1. 注册并登陆上海市商务委员会官网，了解相关办理条件和所需材料。
2. 准备相关材料，包括特许经营合同、商业计划书、企业法人营业执照等。
3. 将申请材料提交给相关部门，并按照要求提交完整的申请材料。
4. 相关部门对申请材料进行审核，符合条件的将会颁发“商业特许经营备案登记证明”。
5. 在特许人和被特许人约定的时间内，被特许人应当向特许人提供备案注册所需的有关材料。
6. 特许人应当在收到材料后5个工作日内将有关材料报送至备案登记机关进行备案登记。

需要注意的是，在办理过程中，需要按照相关法律法规和政策要求，确保申请材料的真实性和合法性，并积极配合相关部门进行调查和审查。同时，需要确保被特许人的合法权益，遵守相关规定和要求，确保特许经营的合法性和可持续性。