上海企业在办理商业特许经营备案时，需要按照以下流程和资料进行。

流程：

1. 填写并提交特许经营备案申请表，包括企业名称、住址、联系方式、法定代表人身份信息等相关信息。
2. 向商务主管部门提出商业特许经营备案申请，并提供相关材料。
3. 商务主管部门对企业提交的申请材料进行审查，并在法定期限内作出是否予以备案的决定。
4. 予以备案的，向申请人出具商业特许经营备案登记证明。

所需材料：

1. 商业特许经营基本情况：包括特许人及被特许人的姓名或名称、法定代表人、注册地址、住所、联系方式等。
2. 特许经营合同样本：特许人应提供包含主要权利义务、加盟店数量、结算方式等重要条款的特许经营合同样本。
3. 总部经营能力、业务开展情况：包括企业总部的经营状况、业务开展情况、员工人数等。
4. 培训计划：特许人应提供针对被特许人的培训计划，包括培训内容、时间、地点、师资等。
5. 其他相关材料：包括商标注册证书、专利权、专有技术等相关证明材料。

完成以上流程和提供相应的资料，上海企业就可以完成商业特许经营备案。在申请过程中，企业应注意提交真实、准确、完整的材料，并积极配合商务主管部门的审查工作。如需更详细的信息，建议咨询相关部门或查询相关法律法规。