上海公司申请商业特许经营备案，需要满足一些条件并按照以下步骤操作：

一、条件：

1. 拥有两个及以上直营店，并且经营时间超过一年以上。
2. 拥有合法的商标或者经营资格。
3. 具备一定的实力，对特许经营体系有一定的了解，并愿意为此投入一定的资源。
4. 遵循特定条例法规，并获得相关部门的批准。

二、步骤：

1. 确定想要申请的特许经营项目，并获取相关的许可证和营业执照。
2. 准备申请材料，包括公司简介、直营店资料、商标证明文件等。确保材料齐全且合规。
3. 将申请材料提交给相关商务主管部门进行备案，即上海市商务主管部门。可以通过guanfangwangzhan或办事大厅提交申请。
4. 等待备案审核结果。在等待期间，应确保经营行为符合备案要求，如有变动，应及时告知相关部门。
5. 如果审核通过，将获得《商业特许经营备案证明》，这是证明公司合法开展特许经营的必要证件。
6. 在获得备案证明后，还需要进行一些后续工作，如向消费者公示备案证明、在店铺内放置特许经营公示牌等。

以上是一般步骤，具体可能会因实际情况有所不同，建议咨询相关部门或专业人士以获得更准确的信息。