上海二类医疗器械经营备案的办理流程和材料须知如下：

流程：

1. 登陆上海市市场监督管理局（原来食药监的网站）的网站，找到办事指南中的“二类医疗器械经营备案（自行办理）办事指南”。
2. 下载并查看对应的申请表格。
3. 根据办事指南中准备全部申请材料，并加盖企业公章。
4. 将全部申请材料送交上海市市场监督管理局受理窗口，申请材料齐全、符合法定形式的，予以接收。
5. 等待审核通过并领取证书。

材料须知：

1. 二类医疗器械经营备案表1份（加盖企业公章）。
2. 企业营业执照复印件1份。
3. 法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明复印件1份。
4. 经营场地、仓库场所的证明或者租赁合同复印件。
5. 经营设施、设备的证明文件。
6. 管理制度的相关文件。

注意：所有复印件都需要加盖企业公章并说明与原件相符。以上材料如可能发生变化，需及时更新，并确保所提供材料的真实性及有效性。

具体的申请材料和流程可能根据实际情况有所差异，建议咨询相关部门或者机构获取准确信息。