上海企业在申请房地产经纪备案证时，需要按照以下步骤进行：

1. 准备资料：房地产经纪机构需要提供以下材料：
* 营业执照和房地产经纪机构备案书（原件）；
* 法定代表人身份证（复印件）；
* 办公场地证明（房产证、租赁合同等）；
* 房地产经纪机构相关制度（包括管理制度、业务流程、信息平台管理制度等）；
* 上海市房地产经纪行业从业资格证书申请表。
2. 提交申请：将准备好的资料提交到所在区住房建设委或房地产交易中心。
3. 现场核查：提交申请后，相关部门会对申请材料进行审核，并进行现场核查。确保房地产经纪机构符合相关要求。
4. 审核通过：如果审核通过，相关部门会颁发房地产经纪备案证书，标志着该企业成为具有良好信誉和经营实力的房地产经纪机构。

需要注意的是，办理流程可能会因实际情况而有所不同，建议企业咨询相关部门获取最新信息。同时，企业需要确保在申请过程中符合所有要求，以免影响进程。

以上内容仅供参考，建议咨询专业人士获取更加准确和全面的信息。