上海办理图书出版物经营许可证的流程和注意事项如下：

流程：

1. 准备营业执照：申请单位在申请行政许可之前，需要先取得营业执照。
2. 提交申请：向所在区的出版局提交申请，需准备营业执照、法定代表人身份证、租赁合同、房产证、环评证明、消防验收证明、出版物资质等材料。
3. 现场验收：申请材料提交后，出版局会根据材料对现场进行验收，验收合格后发证，不合格则提出整改意见，整改合格后进行二次现场验收。

注意事项：

1. 申请单位需要为图书发行企业，并且具有法人资格。
2. 地址需要是商业性质的，且面积需要满足要求。有的区域为了加大保障性住房，如上海市新闻出版局规定全市出版物门店不得少于60平方米、批发书店不得少于120平方米、仓库不得少于50平方米，这是仓储型的营业场所，没有这样面积的场地是无法顺利办理证件的。
3. 需要办理消防安全合格证和环境评估报告，这是必不可少的材料。在实地审核时，相关人员会进行突击检查，对于未达标的企业将会面临一定的处罚。

在申请图书出版物经营许可证的过程中，要确保以上事项均符合要求，否则可能会影响申请的顺利进行。